BioUtils - Proteomics Цель компонента BioUtils — Proteomics — предоставить вам средства идентификации, количественного определения и аннотирования пептидов и белков с высокой точностью в высокопроизводительной вычислительной среде. Он содержит интерфейсы для связи с приборами масс-спектрометрии (например, с использованием BioMoby). ProteomeTools_v6.x ProteomeTools_v6.0 ProteomeTools_v6.0 — это пакет MASSVIEW, который предоставляет несколько инструментов для идентификации, количественного определения и аннотирования пептидов и белков. Pro-Q Pro-Q — это инструмент контроля качества базы данных Swiss-Prot, который предоставляет пользователям инструмент для проверки качества файлов белков Swiss-Prot или Trembl. Основываясь на значениях QMEAN, он предоставляет удобную для чтения информацию о качестве идентификатора с наивысшим рейтингом, как показано в представлении 7 из 10, которую можно использовать для быстрой оценки качества идентификатора. Кроме того, Pro-Q предоставляет ссылку, помогающую пользователям идентифицировать варианты или изоформы белковых последовательностей в гелях 1D/2D, а также помогает пользователям проверять идентификацию белков. ProteinProphet_v1.2 ProteinProphet — это компонент PEPPER, который определяет идентификацию отдельных пептидов с использованием подхода «складной нож», при котором на каждой итерации «складного ножа» пептид удаляется, а его идентификация повторно анализируется с использованием менее строгого алгоритма поиска в базе данных. Алгоритм снова пытается идентифицировать пептид. Идентификация успешна, если идентификация нового пептида имеет более высокий показатель Mascot, чем пептид, идентифицированный ранее. Описание ProteinProphet_v1.2: Алгоритм ProteinProphet состоит из нескольких шагов, на каждом из которых выполняется новый поиск. Первый поиск выполняется с использованием конвейера PEPPER со всеми переварами трипсина из базы данных, и рассматриваются все потенциальные сайты расщепления трипсином (K, R, NQ и M как ошибочные расщепления). Поиск осуществляется с включенной фильтрацией тегов iodoTMT. Затем, в качестве первой идентификации, попадания сортируются на основе оценки талисмана. Лучшие совпадения выбираются и повторно ранжируются путем исправления ложноположительных совпадений. Затем для каждого из пептидов, набравших наибольшее количество баллов, ProteinProphet выбирает идентификацию белка с помощью Biojector представляет собой набор библиотек Java, реализующих общий интерфейс для электрофореза в геле (GE). Biojector-Ava работает как интегратор для Biojector-Ava-Toolkit-Plugin, набора инструментов для Biojector-Ava-Component. Поэтому его можно использовать отдельно или в сочетании с уже существующим проектом. Biojector-Ava-Toolkit-Plugin: вы можете загрузить этот плагин в виде файла .jar или интегрировать его в свои проекты, добавив следующую зависимость: com.trolltech.biojector Biojector-Ava-Toolkit-плагин 0.0.1 банка компилировать Biojector-Ava-Component: Вы можете загрузить этот компонент в виде файла .jar или интегрировать его в свои проекты, добавив следующую зависимость: com.trolltech.biojector Биожектор-Ава-Компонент 0.0.1 банка компилировать Использование Biojector-Ava-Toolkit-Plugin: Плагин Biojector-Ava-Toolkit-Plugin является плагином для компонента Biojector-Ava-Component. Этот плагин создаст значок в трее и откроет окно для компонента Biojector-Ava. Кроме того, плагин Biojector-Ava-Toolkit-Plugin позволяет сохранять наборы 2D-карт электрофореза. Эти наборы именуются как префиксы, так и суффиксы существующих карт. Использование префиксов создаст новый набор карт с заданным именем, где префикс будет добавлен перед именем карты. Использование суффиксов добавит новый набор карт к существующему набору. Существующий набор карт всегда будет сохраняться без префикса. Все карты, созданные в наборе карт, сохраняются как fb6ded4ff2
Related links:
Comments